Brennstoffzellen erzeugen in der „kalten Verbrennung“ nicht nur elektrische Energie, sondern auch Wärmeenergie. Ein großer Vorteil, doch nicht nur das macht sie so energieeffizient. Durch das direkte Umwandeln von Energie nutzen Brennstoffzellen den Energiegehalt des eingesetzten Brennstoffs fast vollständig.
Die elektrochemische Energieumwandlung hat noch weitere Vorteile gegenüber der Verbrennung: Die meisten Brennstoffzellen arbeiten vor Ort praktisch schadstofffrei, da sie nur Wasserdampf produzieren. Lediglich das Beheizen des Reformers verursacht Kohlendioxid-Emissionen, weil hier in der Regel konventionelles Erdgas benutzt wird. Auch beim Einsatz von Methanol entsteht CO2.
Noch klimafreundlicher wäre es deshalb, wenn Brennstoffzellen reinen Wasserstoff statt Erdgas als Brennstoff nutzen und damit auf den Reformer verzichten können. Für die Erzeugung von Wasserstoff dürften dazu jedoch ausschließlich erneuerbare Energiequellen genutzt werden. Für den breiten Markt ist das Zukunftsmusik. Möglich ist hingegen schon jetzt das Verwenden von CO2-neutralem Biogas statt Erdgas bei Brennstoffzellen-Heizungen. Ähnlich ist es bei Methanol, das ebenfalls CO2-neutral zu haben ist, aber bisher kaum für Brennstoffzellen verwendet wird.
Außerdem machen Brennstoffzellen bewegliche Teile wie Kolben und Getriebe, die laute Betriebsgeräusche verursachen könnten, weitgehend überflüssig. Das macht sie verschleiß- und wartungsarm.
Ein großer Nachteil der Brennstoffzelle sind ihre vergleichsweise hohen technischen Anforderungen. Diese und die damit verbundenen hohen Kosten bremsten die Technologie über viele Jahrzehnte aus. Zudem decken Heizungen auf Basis von Brennstoffzellen nur den Grundbedarf an Wärme. Hausbesitzer*innen benötigen also zusätzlich einen (in der Regel bereits in Brennstoffzellen-Heizungen integrierten) Gas-Brennwertkessel.